Komisja zarzuca Polsce, że zryczałtowana forma opodatkowania armatorów (uznawana za formę pomocy publicznej) dotyczy zbyt szerokiego kręgu przedsiębiorców. Podatek ten powinien dotyczyć, bowiem firm zarządzających statkami używanymi do międzynarodowej handlowej żeglugi morskiej. Tymczasem polskie przepisy umożliwiają objęcie nim nawet holowników i pogłębiarek.
Ponadto Komisja uważa, że do podatku dopuszczono armatorów mających dość luźny związek ze swoimi statkami, tj. niezapewniających handlowego i technicznego zarządzania nimi oraz ich załogami. Unijne reguły dopuszczają stosowanie podatku tonażowego dla firm, które wybiorą ten schemat, na co najmniej 10 lat. Tymczasem polska ustawa dopuszcza limit dwukrotnie krótszy.
Ustawa obowiązuje od początku br., ale w praktyce nie jest stosowana. Polska nie zakończyła, bowiem procedury notyfikacji, wymaganej w przypadkach ustaw z zakresu prawa europejskiego.