Kontradmirał Krzysztof ZDONEK urodził się 26 października 1963 roku w Piotrkowie Trybunalskim. Jest absolwentem Akademii Marynarki Wojennej w Gdyni z 1988 roku. W tej samej uczelni w latach 2001-2002 studiował na podyplomowych studiach dowódczo - sztabowych na kierunku „Dowodzenie i kierowanie siłami morskimi”. W latach 1998 - 1999 ukończył studia sztabowe w Akademii Sztabowej Marynarki Wojennej USA w Newport (Stany Zjednoczone). Następnie w latach 2013 - 2014, ponownie studiował w Newport, na Podyplomowych Studiach Polityki Obronnej w Akademii Dowódczej Marynarki Wojennej Stanów Zjednoczonych (United States Naval Command College). 

Służbę wojskową po ukończeniu Akademii Marynarki Wojennej rozpoczął na stanowisku zastępcy dowódcy okrętu w 2. Brygadzie Okrętów Desantowych w Świnoujściu. W 1995 roku został wyznaczony na stanowisko dowódcy okrętu ORP „GNIEZNO”. W roku 2002 objął stanowisko szefa sztabu - zastępcy dowódcy 12.
Dywizjonu Trałowców w Świnoujściu. 

Pełniąc obowiązki na wymienionych stanowiskach wielokrotnie uczestniczył w ćwiczeniach i operacjach międzynarodowych, miedzy innymi w 1993 roku uczestniczył w pierwszych ćwiczeniach morskich w ramach programu Partnerstwo dla Pokoju pk.: BALTIC ENDEAVOUR, a w 1996 jako oficer sztabu Komponentu Morskiego w ćwiczeniach pk.: COOPERATIVE VENTURE (na pokładzie okrętu holenderskiego). W roku 1997 pełnił służbę w Polsko - Amerykańskiej Misji Łącznikowej przy Departamencie Wojskowych Spraw Zagranicznych MON, komórce koordynującej wspólne polsko-amerykańskie przedsięwzięcia szkoleniowe. W 2002 uczestniczył jako szef sztabu zespołu (na pokładzie niemieckiego okrętu dowodzenia) w operacji niszczenia min morskich pk.: OPEN SPIRIT. 

W 2005 dowodził ćwiczeniem BALTICA (trójstronne ćwiczenie sił obrony przeciwminowej w ramach Trójkąta Weimarskiego). W roku 2005 został wyznaczony na stanowisko dowódcy 2. Dywizjonu Okrętów Transportowo - Minowych. W 2007 roku w uznaniu zasług w szkoleniu i służbie Prezydent RP Lech Kaczyński wyróżnił dowodzony przez niego dywizjon Flagą RP, a w 2008 roku za szczególne zasługi w dowodzeniu oraz szkoleniu sił obrony przeciwminowej w Marynarce Wojennej, Minister Obrony Narodowej wyraził oficerowi uznanie w formie wpisu do „Księgi Honorowej Ministra Obrony Narodowej”.

Dowodzony przez niego dywizjon w 2009 roku uzyskał najwyższą w Wojsku Polskim ocenę z kontroli kompleksowej (bardzo dobrą) i został uhonorowany za szczególne osiągnięcia w wykonywaniu zadań służbowych Znakiem Honorowym Sił Zbrojnych RP. 

W 2009 objął stanowisko szefa szkolenia 8. Flotylli Obrony Wybrzeża. W trakcie sprawowania tej funkcji był bezpośrednio odpowiedzialny za proces przygotowania i wydzielenia (po raz pierwszy w Marynarce Wojennej) okrętu dowodzenia i polskiego sztabu do Stałego Zespołu Sił Obrony Przeciwminowej NATO – SNMCMG 1. Przygotowanie oraz działalność wydzielonych sił zostały bardzo wysoko ocenione przez dowództwo Komponentu Morskiego NATO (MCC Northwood). 

W 2012 roku został wyznaczony na stanowisko zastępcy dowódcy 8.FOW. Na wszystkich zajmowanych stanowiskach osiągał znaczące sukcesy w dowodzeniu i szkoleniu, co potwierdzały inspekcje, sprawdziany, kontrole i nadzory służbowe prowadzone przez przełożonych i inne uprawnione instytucje wojskowe. W 2014 roku po ukończeniu studiów polityki obronnej w Naval Command College został wyznaczony na stanowisko szefa Oddziału Ćwiczeń w Zarządzie Morskim Inspektoratu Marynarki Wojennej Dowództwa Generalnego RSZ, a w listopadzie tego samego roku objął stanowisko służbowe Szefa Zarządu Uzbrojenia w Inspektoracie Marynarki Wojennej w Dowództwie Generalnym Rodzajów Sił Zbrojnych. Kontradmirał Krzysztof Zdonek 8. Flotyllą Obrony Wybrzeża dowodzi od 6 maja 2016 roku. Dowodził on przygotowaniami do misji PKW „CZERNICKI”, podczas której w pierwszej połowie 2017 roku okręt ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” wraz z oficerami sztabu operował na Morzu Śródziemnym i Morzu Czarnym stając na czele międzynarodowego Stałego Zespołu Sił Obrony Przeciwminowej NATO nr 2 (SNMCMG-2). W związku z Narodowym Świętem Niepodległości, 11 listopada 2017 r., kontradmirał Krzysztof ZDONEK za zasługi dla obronności kraju został odznaczony przez Prezydenta RP Andrzeja Dudę „Złotym Krzyżem Zasługi”. Na stopień kontradmirała mianowany został 1 marca 2018 roku.

Kontradmirał Krzysztof ZDONEK pasjonuje się narciarstwem zjazdowym, jest kibicem piłki nożnej, ma trójkę dzieci.