Urzędowi Morskiemu w Szczecinie brakuje 10 – 12,5 miliona złotych aby przywrócić na całej długości toru przez Zalew Szczeciński do samego portu głębokość 10,5 metra. Urząd Morski interweniował już w tej sprawie w Ministerstwie Infrastruktury, które powinno zapewnić właściwe parametry toru. Wciąż jednak nie wiadomo kiedy znajdą się pieniądze na tę inwestycję. Najgorzej jest obecnie w okolicach Przekopu Mieleńskiego gdzie głębokość jest już wyraźnie poniżej 10 metrów. W praktyce oznacza to, że do Szczecina nie mogą wpływać statki o zanurzeniu powyżej 9 metrów. W związku ze spłyceniem toru Zarząd Morskich Portów Szczecin i Świnoujście został zmuszony do ograniczenia prędkości statków. Na pewnych odcinkach toru czasowo wprowadzany jest nawet ruch jednokierunkowy. W tej sytuacji Świnoujście pozostaje jedynym głębokowodnym portem w Zespole Portów .